Der Arzt und Naturforscher Philipp Franz von Siebold gilt als einer der wichtigsten ausländischen Zeugen des Endes der Edo-Zeit. Das Museum in Würzburg widmet sich dem japanbezogenen Schaffen der Familie Siebold.
In Zentrum der Dauerausstellung stehen Exponate zum Leben und Wirken der Würzburger Ärzte und Gelehrtenfamilie Siebold – denn nicht nur Philipp Franz von Siebold besuchte 1923 bis 1829 sowie 1859 bis 1862 Japan. Seine halbjapanische Tochter Ine praktizierte als erste westlich ausgebildete Ärztin in Japan, seine Söhne Alexander und Heinrich waren als Diplomaten dort. Neben den Aufzeichnungen Siebolds zu Flora und Fauna Japans nehmen medizintechnische Exponate einen großen Teil der Sammlung ein.
Zusätzlich finden im Siebold-Museum Sonderausstellungen statt, beispielsweise zu Holzschnitten. Auch japanbezogene Vorträge, Konzerte, Symposien, Versammlungen und andere Festlichkeiten werden durchgeführt. Insbesondere die Möglichkeit, im Museum an einer Teezeremonie teilzunehmen, lohnt den Ausflug nach Würzburg.
