Gegründet wurde die Stiftung, die das JDZB führt, 1985 auf Anregung des japanischen Premierministers Nakasone Yasuhiro und Bundeskanzler Helmut Kohl.
Das Japanisch-Deutsche Zentrum Berlin liegt in der Nähe des Campus der Freien Universität Berlin in Dahlem. Wer den Weg in den ruhigen Berliner Außenbezirk auf sich nimmt, findet dort hochkarätige wissenschaftliche Vorträge und Symposien, kleine Ausstellungen, Japanisch-Sprachkurse und eine Bibliothek.
Für Besucher, die sich allgemein über Japan und seine Kultur informieren möchten, eignet sich besonders der jährlich stattfindende Tag der offenen Tür. Auf diesem bietet das JDZB Kurse zum Mitmachen wie Origami sowie verschiedene Aufführungen.